Главният секретар ръководи, координира и контролира функционирането на администрацията на министъра. Той организира дейността на администрацията за точното спазване на нормативните актове.
Главният секретар осъществява административното ръководство в изпълнение на разпорежданията на министъра, като:
- Организира разпределението на задачите за изпълнение между административните звена в министерството;
- Създава условия за нормална и ефективна работа в министерството и осъществява контрол по изпълнението на възложените задачи;
- Ръководи процеса по въвеждането на автоматизирани системи в работата на администрацията;
- Координира и контролира дейността по ползването и управлението на държавната собственост, предоставена на министерството;
- Утвърждава разходите по управлението на администрацията;
- Организира подготовката на проекта на бюджет на администрацията;
- Осъществява взаимодействие с главния секретар на Министерския съвет;
- Утвърждава длъжностните характеристики на служителите.
При отсъствие на главния секретар на министерството от страната или когато той ползва законоустановен отпуск, неговите функции за всеки конкретен случай се изпълняват от определен от министъра директор на дирекция в министерството.